この制度下に於いて、付与機関は、財団法人日本情報処理開発協会が担当しています。
付与機関は、指定機関を指定すること、事業者からのプライバシイマーク付与の申請を審査して認定すること、を初めとしてプライバシイマーク制度を適正に運用する役割を担っています。
なお、付与機関が指定する指定機関とは、付与機関に申請してプライバシイマーク制度委員会の審議を経て指定機関として指定を受けた団体（非営利）です。
指定機関は、事業者からのプライバシイマーク付与の申請を受け付け、申請内容の審査・調査及び付与認定等の業務を行なっています。
